Isco Alarcón dio sus primeros pasos en el equipo de su pueblo localizado en Benalmádena (Málaga), España, en la escuela de fútbol del Retamar, después debutó en el Atlético Benamiel Club de Fútbol, donde se empezó a dar a conocer destacando en muchos torneos a nivel nacional, lo que le valió para que numerosos clubes de primer nivel se fijaran en él para complementar su cantera.
El más adelantado fue el Valencia Club de Fútbol, entidad a la que llegó en 2006 con 14 años, inicia su nueva andadura en un equipo profesional, y en 2009 juega ya partidos en Segunda División B con el Valencia Mestalla, filial valencianista.