Los inicios del fútbol sala en España se remontan a los primeros años de la década de los 70. Existen diferentes versiones en el año exacto, ya que algunos defienden su llegada en 1971, comenzando a practicarse en varias ciudades españolas siendo una pionera A Coruña. Otros indican que este se pudo introducir en el año 1972 y afirman que fue en el Club YMCA de Madrid, donde se jugó por primera vez en España a este nuevo deporte. La razón por la que se cree que en este club madrileño tuvo sus inicios el fútbol sala, es debido a que este club estaba constituido por una asociación de jóvenes católicos, al igual que ocurriera en la A.J.C de Paraguay y Brasil.
A nivel institucional el CSD decidió que esta nueva modalidad dependiera de Comité Nacional del Fútbol Aficionado de la RFEF. Esta dio una serie de directrices a sus Federaciones Territoriales para que organizaran torneos oficiales de fútbol sala. Las federaciones territoriales, aunque no demostraron demasiado interés en esta tarea se fueron desarrollando poco a poco diferentes torneos. En 1977 se juega el primer torneo oficial en Galicia. Este mismo año se desarrolla con carácter semi-oficial el Campeonato de Castilla de Clubes de fútbol sala. En el año 1979 se celebro al final de temporada, el primer Campeonato de Clubs de España, quedando campeón el Interviú-Hora XXV.
En la década de los ochenta se empiezan a desarrollar las primeras competiciones nacionales. Además, esta fue una época convulsa a nivel institucional ya que la familia del fútbol sala se encontraba dividida, entre los que creían que este tenía que depender de La RFEF y los que creían que tenía que ser completamente independiente. Así en 1982, un grupo de clubes se separa para constituir la Federación Española de Fútbol Sala (FEFS), mientras que el resto continuaron dependiendo de la RFEF. El grupo liderado por Antonio Alberca y Teodosio Carbonell presento el 22 de abril de 1982 en el CSD la solicitud de la creación de la FEFS.
Los acontecimientos y la disputa por el control del fútbol sala se suceden en los años siguientes. La RFEF constituye en 1983 la primera liga de Fútbol Sala, junto con su asociación de clubes ACFS. La FEFS, por su parte, hace lo mismo al año siguiente 1984, a través de su asociación ASOFUSA. En estos años tan importantes en la organización de nuestro deporte, se jugaban dos competiciones nacionales distintas con reglamentos diferentes.
En Abril de 1986, la FEFS consigue en los juzgados una licencia provisional para ser incluida como Federación de pleno derecho dentro del CSD. La RFEF continúo poniendo trabas a la nueva federación desarrollándose diversos procesos judiciales, hasta conseguir su desinscripción del Registro Nacional de Asociaciones y Federaciones Deportivas del C.S.D. Esta problemática continua vigente hoy en día en algunas comunidades como por ejemplo en Galicia en la que coexisten la FGFS y la RFEF.
Estos problemas judiciales unidos a intereses de rentabilidad económica provocaron que en la temporada 89-90 se fusionaran las dos asociaciones existentes, constituyéndose la LNFS, la cual estaba encargada solamente de la gestión de la División de Honor y la Plata. Posteriormente la RFEF se haría con el control de dicha asociación de clubes.
Para finalizar en 1994 se crea dentro de la RFEF el comité Nacional de Fútbol Sala (CNFS), independiente de la LNFS el cual se encargaría de organizar las categorías de 1ª Nacional A y B.